В 1869 году П. Ю. Кемиус, который являлся управляющим имения Партенит, решил проложить дорогу по восточному склону горы Аю-Даг, так как старая дорога уже давно заросла. Наткнувшись на руины огромного сооружения из камня, он тут же решил разобрать его на камни, и таким образом разбирал до тех самых пор, пока не наткнулся на могильную плиту и мраморную капитель византийской работы. После чего стало известно, что это древнейшее сооружение когда-то являлось христианской трехапсидной базиликой. Первые раскопки данного места проводились в 1870 годах художником Д. М. Струковым. Ему удалось обнаружить плиту с длиной надписью 1427 года: «Этот божественный и всечестный храм святых правоверховных и славных апостолов Павла и Петра был построен с основания в давнейшие времена иже во святых отцом архиепископом Иоанном Исповедником ныне вновь возобновлен». Иоанн Готский, который родился в Партените, стал знаменитым благодаря своей деятельности по подготовке Никейского Вселенского Собора, который восстановил иконопочитание. Позже, мятеж был полностью разгромлен, а Иоанна заточили в Фулах, откуда ему удалось сбежать. Умет он в заморской Амастриде. Если же верить «Житию», то Иоанн был погребен в «Партенитах», в монастыре, который был основан им. Во время раскопок храма была найдена замурованная гробница, которая может быть связанна с погребением преподобного Иоанна. Она была совершенно пустой. Хазары после разгрома восстания решили не щадить монастырь и резиденцию Иоанна Готского, и базилика была полностью разрушена. После чего она множество столетий стояла в запустении, но в пятнадцатом веке все же решили взяться за ее восстановление. Но восстановленному храму долго простоять не удалось, в 1475 году он пострадал от нашествия турок-османов. Окончательно святыня пришла в упадок в восемнадцатом веке. На том самом месте, где когда-то находилась базилика, в 1996 году был поставлен памятник Иоанну Готскому. А спустя некоторое время была возведена церковь Святого Иоанна Готского, где и по сегодняшний день ведутся богослужения.
